化肥大量使用使蔬菜瓜果品質大大下降。由于作物不僅僅需要氮磷鉀，同時還需要鈣鐵鋅硒等許多微量元素，而化肥一般成分比較單一，所以長期使用化肥必然導致土壤中所含養分趨于單一，易使作物營養失調，從而導致作物內部轉化合成受阻，必然導致作物品質下降，瓜不甜，菜不香。 危害人體健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸鹽含量超標，而亞硝酸鹽與胺類物質結合形成N-亞硝酸基化合物為強致癌物質。
化肥的大量使用，還造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。 化肥的長期低效施用，往往造成土壤中某些元素的過分積累和土壤理化性質的變化及環境的污染。 從中國大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依賴化肥，由此形成惡性循環。
有機肥還可以改良泥土，增加其保水保肥的能力，有機肥不光是我們在市場上購買的寫著有機肥字樣的產品，有機肥分為兩大類，一類為粗有機肥，一類為商品有機肥，有機肥就是沒有深加工的有機肥，它包括禽糞、畜糞、餅類、植物體等，再往下細分，禽糞包括鳥糞，雞糞等，畜糞包括豬糞，牛糞，羊糞等，餅類包括豆餅，油料，花生餅等，植物體又包括麥稈，稻殼等在農村常見的東西，這些就是粗有機肥，只不外有些簡樸，使用需要進行再加工，例如鳥糞和禽糞需要高溫腐熟才能用。
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