化肥的大量使用，還造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。 化肥的長期低效施用，往往造成土壤中某些元素的過分積累和土壤理化性質的變化及環境的污染。 從中國大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依賴化肥，由此形成惡性循環。
生物菌肥料的優點： 改良土壤 (1)通過有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周圍形成了優勢種群，抑制了其他有害菌的生命活動。 (2)快速分解土壤有機物質，促進土壤團粒的形成，且通過有益菌的活動能夠疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透氣性都得到很好的調節。 (3)分解土壤中的農藥殘留，避免殘留農藥對下季作物產生藥害。還對植物生長過程通過根系排放的有害物質進行分解。
廄肥、堆肥、漚肥等，堆漚肥是以秸稈、雜草、樹葉、泥炭、垃圾以及農村廢棄物為主要材料，加入適量的人畜糞尿而漚制成的有機肥，堆漚肥中的有機質在厭氧前提下分解，養分不易揮發，且形成的養分多被土壤吸附，不易流失，肥效長而穩，沼氣肥，在密封的沼氣池中，有機物腐解產生沼氣后的副產物，包括沼氣液和殘渣，是以畜禽糞便、動植物殘體、糊口垃圾等富含有機質的固體廢棄物為主要原料，并添加一定量的其他輔料和發酵菌劑，通過工廠化方式加工出產而成的肥料。
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