化肥中不含有機質、腐殖質，因此大量使用化肥，土壤由于有機質和腐殖質的缺乏，土壤團粒結構遭到破壞，造成土壤板結，農植物產量下降。 化肥利用率低，氮肥因為易揮發、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因為磷酸根化學活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。

化肥的大量使用，還造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。 化肥的長期低效施用，往往造成土壤中某些元素的過分積累和土壤理化性質的變化及環境的污染。 從中國大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依賴化肥，由此形成惡性循環。

有機肥還可以改良泥土，增加其保水保肥的能力，有機肥不光是我們在市場上購買的寫著有機肥字樣的產品，有機肥分為兩大類，一類為粗有機肥，一類為商品有機肥，有機肥就是沒有深加工的有機肥，它包括禽糞、畜糞、餅類、植物體等，再往下細分，禽糞包括鳥糞，雞糞等，畜糞包括豬糞，牛糞，羊糞等，餅類包括豆餅，油料，花生餅等，植物體又包括麥稈，稻殼等在農村常見的東西，這些就是粗有機肥，只不外有些簡樸，使用需要進行再加工，例如鳥糞和禽糞需要高溫腐熟才能用。