生物菌肥最怕殺菌劑，而不少菜農(nóng)為防蔬菜根部病害常用殺菌劑灌根，這無疑使剛剛在土壤中定居的生物菌遭受滅頂之災(zāi)。另外，大量地沖施化肥對(duì)土壤中生物菌的傷害也很大。因此，對(duì)于施用生物菌肥的大棚地，應(yīng)盡量避免使用殺菌劑灌根，少施大量元素水溶肥等化學(xué)肥料。

化肥中不含有機(jī)質(zhì)、腐殖質(zhì)，因此大量使用化肥，土壤由于有機(jī)質(zhì)和腐殖質(zhì)的缺乏，土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)遭到破壞，造成土壤板結(jié)，農(nóng)植物產(chǎn)量下降。 化肥利用率低，氮肥因?yàn)橐讚]發(fā)、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因?yàn)榱姿岣瘜W(xué)活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結(jié)合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。

生物菌肥料的優(yōu)點(diǎn)： (1)通過有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周圍形成了優(yōu)勢種群，抑制了其他有害菌的生命活動(dòng)。 (2)快速分解土壤有機(jī)物質(zhì)，促進(jìn)土壤團(tuán)粒的形成，且通過有益菌的活動(dòng)能夠疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透氣性都得到很好的調(diào)節(jié)。 (3)分解土壤中的農(nóng)藥殘留，避免殘留農(nóng)藥對(duì)下季作物產(chǎn)生藥害。還對(duì)植物生長過程通過根系排放的有害物質(zhì)進(jìn)行分解。