生物菌肥最怕殺菌劑，而不少菜農為防蔬菜根部病害常用殺菌劑灌根，這無疑使剛剛在土壤中定居的生物菌遭受滅頂之災。另外，大量地沖施化肥對土壤中生物菌的傷害也很大。因此，對于施用生物菌肥的大棚地，應盡量避免使用殺菌劑灌根，少施大量元素水溶肥等化學肥料。
防止肥害發生就要做到合理施肥： 1、合理選用肥料品種，多年生經濟作物應以土雜肥，有機肥為主，將化肥和有機肥混合施用，施土雜肥、有機肥既可提供各種營養，又能改良土壤，提高土壤緩沖能力，減少肥害發生。同樣是化肥，含氯化肥易發生肥害，現市場上肥料品種繁多，質量參差不棄，廣大農戶選用時要特別注意。 2、改進施肥方法，冬春基肥應該在樹冠外沿開環溝施，溝深、寬各20－30厘米，施后覆土，化肥作追肥施時，宜用水澆施，或雨后土壤濕潤時施用。
生物菌肥料的優點： (1)通過有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周圍形成了優勢種群，抑制了其他有害菌的生命活動。 (2)快速分解土壤有機物質，促進土壤團粒的形成，且通過有益菌的活動能夠疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透氣性都得到很好的調節。 (3)分解土壤中的農藥殘留，避免殘留農藥對下季作物產生藥害。還對植物生長過程通過根系排放的有害物質進行分解。
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