使用生物菌肥應注意的事項。 1、有效期：目前我國微生物肥料有效菌存活時間超過1年的不多，所以選購的微生物肥料要盡快使用，存放時間過長，其菌種的休眠狀態可能被破壞。 2、施用溫度：施用菌肥的最佳溫度是22℃-35℃，低于5℃，高于40℃，施用效果較差。對高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用。固氮菌肥最適溫度土壤的含水量是60%-70%。
化肥中不含有機質、腐殖質，因此大量使用化肥，土壤由于有機質和腐殖質的缺乏，土壤團粒結構遭到破壞，造成土壤板結，農植物產量下降。 化肥利用率低，氮肥因為易揮發、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因為磷酸根化學活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。
生物菌肥料的優點： (1)通過有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周圍形成了優勢種群，抑制了其他有害菌的生命活動。 (2)快速分解土壤有機物質，促進土壤團粒的形成，且通過有益菌的活動能夠疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透氣性都得到很好的調節。 (3)分解土壤中的農藥殘留，避免殘留農藥對下季作物產生藥害。還對植物生長過程通過根系排放的有害物質進行分解。
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