化肥中不含有機質(zhì)、腐殖質(zhì)，因此大量使用化肥，土壤由于有機質(zhì)和腐殖質(zhì)的缺乏，土壤團粒結(jié)構(gòu)遭到破壞，造成土壤板結(jié)，農(nóng)植物產(chǎn)量下降。 化肥利用率低，氮肥因為易揮發(fā)、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因為磷酸根化學(xué)活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結(jié)合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。

化肥大量使用使蔬菜瓜果品質(zhì)大大下降。由于作物不僅僅需要氮磷鉀，同時還需要鈣鐵鋅硒等許多微量元素，而化肥一般成分比較單一，所以長期使用化肥必然導(dǎo)致土壤中所含養(yǎng)分趨于單一，易使作物營養(yǎng)失調(diào)，從而導(dǎo)致作物內(nèi)部轉(zhuǎn)化合成受阻，必然導(dǎo)致作物品質(zhì)下降，瓜不甜，菜不香。

生物菌肥料的優(yōu)點： (1)通過有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周圍形成了優(yōu)勢種群，抑制了其他有害菌的生命活動。 (2)快速分解土壤有機物質(zhì)，促進土壤團粒的形成，且通過有益菌的活動能夠疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透氣性都得到很好的調(diào)節(jié)。 (3)分解土壤中的農(nóng)藥殘留，避免殘留農(nóng)藥對下季作物產(chǎn)生藥害。還對植物生長過程通過根系排放的有害物質(zhì)進行分解。