生物菌肥最怕殺菌劑，而不少菜農為防蔬菜根部病害常用殺菌劑灌根，這無疑使剛剛在土壤中定居的生物菌遭受滅頂之災。另外，大量地沖施化肥對土壤中生物菌的傷害也很大。因此，對于施用生物菌肥的大棚地，應盡量避免使用殺菌劑灌根，少施大量元素水溶肥等化學肥料。
防止肥害發生就要做到合理施肥： 1、合理選用肥料品種，多年生經濟作物應以土雜肥，有機肥為主，將化肥和有機肥混合施用，施土雜肥、有機肥既可提供各種營養，又能改良土壤，提高土壤緩沖能力，減少肥害發生。同樣是化肥，含氯化肥易發生肥害，現市場上肥料品種繁多，質量參差不棄，廣大農戶選用時要特別注意。 2、改進施肥方法，冬春基肥應該在樹冠外沿開環溝施，溝深、寬各20－30厘米，施后覆土，化肥作追肥施時，宜用水澆施，或雨后土壤濕潤時施用。
化肥中不含有機質、腐殖質，因此大量使用化肥，土壤由于有機質和腐殖質的缺乏，土壤團粒結構遭到破壞，造成土壤板結，農植物產量下降。 化肥利用率低，氮肥因為易揮發、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因為磷酸根化學活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。
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