在掌握養分平衡的情況下，還要注意水溶性有機質的配合使用，包括使用二氧化碳氣肥。 避免直接沖施，要采取二次稀釋。水溶肥比一般復合肥養分含量高，用量相對較少，直接沖施極易造成燒苗傷根、苗小苗弱等現象，二次稀釋不僅利于肥料施用均勻，還可以提高肥料利用率。
生物菌肥最怕殺菌劑，而不少菜農為防蔬菜根部病害常用殺菌劑灌根，這無疑使剛剛在土壤中定居的生物菌遭受滅頂之災。另外，大量地沖施化肥對土壤中生物菌的傷害也很大。因此，對于施用生物菌肥的大棚地，應盡量避免使用殺菌劑灌根，少施大量元素水溶肥等化學肥料。
化肥大量使用使蔬菜瓜果品質大大下降。由于作物不僅僅需要氮磷鉀，同時還需要鈣鐵鋅硒等許多微量元素，而化肥一般成分比較單一，所以長期使用化肥必然導致土壤中所含養分趨于單一，易使作物營養失調，從而導致作物內部轉化合成受阻，必然導致作物品質下降，瓜不甜，菜不香。
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