土壤中的微量元素95%以不溶態形式存在，不能被植物吸收運用，而微生物代謝產物中含有許多的有機酸類物質，這些物質就像在冰塊中加入的熱水一樣，很快就能把微量元素如鈣、鎂、硫、銅、鋅、鐵、硼、鉬等植物必需的礦物元素溶解，變成能夠被植物直接吸收運用的營養元素，大大添加了土壤的供肥才能。有機肥猜中的有機質添加了土壤中的有機質含量，使得土壤粘結度降低，砂性土壤保水保肥功能變強，從而土壤形成穩定的團粒結構，便能夠發揮良好的肥力和諧供給才能。用過有機肥，土壤會變得疏松、肥美。
有機肥中的有利微生物運用土壤中的有機質，產生次級代謝物，其間含有許多的促成長類物質。如成長素，能促進植物伸長成長，脫落酸能促進果實成熟，赤霉素能促進開花坐果，添加開花數、保果率，進步產值，使果實飽滿，色澤鮮嫩，還能提早上市，到達增產增收。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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