大量施用化肥、農(nóng)藥，使土壤受到不同程度的污染，產(chǎn)生一定的毒性。生長(zhǎng)在受污染土壤的作物，除了造成生長(zhǎng)障礙外，其產(chǎn)品還會(huì)對(duì)人類帶來危害。消除土壤污染是環(huán)境治理的重要內(nèi)容。微生物肥料的肥效持續(xù)時(shí)間長(zhǎng)，可以減少化肥的施用量，并且它本身無毒無害。微生物肥料具有降解和轉(zhuǎn)化土壤中有毒物質(zhì)的能力。這種生物修復(fù)是土壤修復(fù)的各種措施中經(jīng)濟(jì)有效的措施。

有機(jī)肥料含有多種營養(yǎng), 有豐富的有機(jī)物, 能夠加強(qiáng)微生物的活動(dòng), 肥效耐久, 不僅能夠陸續(xù)供給作物營養(yǎng)的需要, 還能夠改進(jìn)土壤的水、熱和通氣的條件, 增進(jìn)土壤熟化。有機(jī)肥料開釋出的許多CO2能夠供植物營養(yǎng)之用；有機(jī)肥猜中的腐殖質(zhì),則有刺激植物成長(zhǎng)和吸收礦質(zhì)營養(yǎng)的功效。

糞肥中含有豐富的有機(jī)質(zhì)和作物所需要的各種營養(yǎng)元素，對(duì)增加作物產(chǎn)量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應(yīng)用于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中。古時(shí)候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現(xiàn)象增多，各種問題也隨之而來。