微生物肥料施入土壤后，有益微生物在土壤中迅速繁殖，會產(chǎn)生多種對作物有益的代謝產(chǎn)物。這些代謝產(chǎn)物可刺激或調(diào)控作物生長，使作物健壯，達到增產(chǎn)目的。不僅給作物生長提供所需的NPK和中微量元素外，還能為作物提供有機質(zhì)和有益微生物活性菌。 除此之外，微生物肥料中的一些菌種還可以分泌一些刺激素維生素等以刺激作物生長，使作物健壯，營養(yǎng)狀況得到改善。
有機肥含有維生素、抗生素等，可增強農(nóng)作物抗性， 或防止病害發(fā)生。有機肥施入土壤后，可增強土壤的蓄水保水才能，在干旱情況下，能增強作物的抗旱才能。有機肥還可使土壤變得疏松，改進作物根系的生態(tài)環(huán)境，促進根系的成長，增強根系活力，進步作物耐澇才能，削減植物的逝世率，進步了農(nóng)產(chǎn)品的生存率。
糞肥中含有豐富的有機質(zhì)和作物所需要的各種營養(yǎng)元素，對增加作物產(chǎn)量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應(yīng)用于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現(xiàn)象增多，各種問題也隨之而來。
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