大量施用化肥、農藥，使土壤受到不同程度的污染，產生一定的毒性。生長在受污染土壤的作物，除了造成生長障礙外，其產品還會對人類帶來危害。消除土壤污染是環境治理的重要內容。微生物肥料的肥效持續時間長，可以減少化肥的施用量，并且它本身無毒無害。微生物肥料具有降解和轉化土壤中有毒物質的能力。這種生物修復是土壤修復的各種措施中經濟有效的措施。
土壤中的微量元素95%以不溶態形式存在，不能被植物吸收運用，而微生物代謝產物中含有許多的有機酸類物質，這些物質就像在冰塊中加入的熱水一樣，很快就能把微量元素如鈣、鎂、硫、銅、鋅、鐵、硼、鉬等植物必需的礦物元素溶解，變成能夠被植物直接吸收運用的營養元素，大大添加了土壤的供肥才能。有機肥猜中的有機質添加了土壤中的有機質含量，使得土壤粘結度降低，砂性土壤保水保肥功能變強，從而土壤形成穩定的團粒結構，便能夠發揮良好的肥力和諧供給才能。用過有機肥，土壤會變得疏松、肥美。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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