有機(jī)肥中的有利微生物運(yùn)用土壤中的有機(jī)質(zhì)，產(chǎn)生次級代謝物，其間含有許多的促成長類物質(zhì)。如成長素，能促進(jìn)植物伸長成長，脫落酸能促進(jìn)果實(shí)成熟，赤霉素能促進(jìn)開花坐果，添加開花數(shù)、保果率，進(jìn)步產(chǎn)值，使果實(shí)飽滿，色澤鮮嫩，還能提早上市，到達(dá)增產(chǎn)增收。

化肥的實(shí)踐運(yùn)用率只要30%～45%。丟失的化肥一部分分化開釋到大氣中，一部分則隨著水土流失掉了，還有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收運(yùn)用。當(dāng)施入有機(jī)肥后，因?yàn)橛欣锘顒痈倪M(jìn)了土壤結(jié)構(gòu)，添加了土壤保水保肥才能，從而削減了營養(yǎng)的流失。加上有利微生物解磷解鉀效果，能使化肥有效運(yùn)用率進(jìn)步到50%以上。

糞肥中含有豐富的有機(jī)質(zhì)和作物所需要的各種營養(yǎng)元素，對增加作物產(chǎn)量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應(yīng)用于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中。古時(shí)候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現(xiàn)象增多，各種問題也隨之而來。