微生物肥料施入土壤后，有益微生物在土壤中迅速繁殖，會產生多種對作物有益的代謝產物。這些代謝產物可刺激或調控作物生長，使作物健壯，達到增產目的。不僅給作物生長提供所需的NPK和中微量元素外，還能為作物提供有機質和有益微生物活性菌。 除此之外，微生物肥料中的一些菌種還可以分泌一些刺激素維生素等以刺激作物生長，使作物健壯，營養狀況得到改善。
有機肥料含有多種營養, 有豐富的有機物, 能夠加強微生物的活動, 肥效耐久, 不僅能夠陸續供給作物營養的需要, 還能夠改進土壤的水、熱和通氣的條件, 增進土壤熟化。有機肥料開釋出的許多CO2能夠供植物營養之用；有機肥猜中的腐殖質,則有刺激植物成長和吸收礦質營養的功效。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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