大量施用化肥、農藥，使土壤受到不同程度的污染，產生一定的毒性。生長在受污染土壤的作物，除了造成生長障礙外，其產品還會對人類帶來危害。消除土壤污染是環境治理的重要內容。微生物肥料的肥效持續時間長，可以減少化肥的施用量，并且它本身無毒無害。微生物肥料具有降解和轉化土壤中有毒物質的能力。這種生物修復是土壤修復的各種措施中經濟有效的措施。
有機肥料含有植物所需要的許多營養成分、微量元素、糖類和脂肪。有機肥分化開釋的CO2可作為物光合效果的材料。有機肥還含有氮、磷、鉀5%三要素，有機質45%，可為農作物供給的營養。不得不提的是有機肥在土壤中分化，能夠轉化形成各種的腐殖酸是一種高分子物質，具有很好的絡合吸附功能，對重金屬離子有很好的絡合吸附效果，能有效地減少重金屬離子對作物的毒害，并阻撓其進入植株中，并且維護植腐殖酸物質物的根莖。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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