微生物肥料施入土壤后，有益微生物在土壤中迅速繁殖，會(huì)產(chǎn)生多種對(duì)作物有益的代謝產(chǎn)物。這些代謝產(chǎn)物可刺激或調(diào)控作物生長(zhǎng)，使作物健壯，達(dá)到增產(chǎn)目的。不僅給作物生長(zhǎng)提供所需的NPK和中微量元素外，還能為作物提供有機(jī)質(zhì)和有益微生物活性菌。 除此之外，微生物肥料中的一些菌種還可以分泌一些刺激素維生素等以刺激作物生長(zhǎng)，使作物健壯，營(yíng)養(yǎng)狀況得到改善。

有機(jī)肥中的有利微生物運(yùn)用土壤中的有機(jī)質(zhì)，產(chǎn)生次級(jí)代謝物，其間含有許多的促成長(zhǎng)類物質(zhì)。如成長(zhǎng)素，能促進(jìn)植物伸長(zhǎng)成長(zhǎng)，脫落酸能促進(jìn)果實(shí)成熟，赤霉素能促進(jìn)開(kāi)花坐果，添加開(kāi)花數(shù)、保果率，進(jìn)步產(chǎn)值，使果實(shí)飽滿，色澤鮮嫩，還能提早上市，到達(dá)增產(chǎn)增收。

糞肥中含有豐富的有機(jī)質(zhì)和作物所需要的各種營(yíng)養(yǎng)元素，對(duì)增加作物產(chǎn)量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來(lái)都被廣泛應(yīng)用于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中。古時(shí)候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說(shuō)法。近年來(lái)，隨著糞肥不合理的施用現(xiàn)象增多，各種問(wèn)題也隨之而來(lái)。