有機肥料含有多種營養, 有豐富的有機物, 能夠加強微生物的活動, 肥效耐久, 不僅能夠陸續供給作物營養的需要, 還能夠改進土壤的水、熱和通氣的條件, 增進土壤熟化。有機肥料開釋出的許多CO2能夠供植物營養之用；有機肥猜中的腐殖質,則有刺激植物成長和吸收礦質營養的功效。
有機肥中的有利微生物運用土壤中的有機質，產生次級代謝物，其間含有許多的促成長類物質。如成長素，能促進植物伸長成長，脫落酸能促進果實成熟，赤霉素能促進開花坐果，添加開花數、保果率，進步產值，使果實飽滿，色澤鮮嫩，還能提早上市，到達增產增收。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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