有機肥料含有多種營養, 有豐富的有機物, 能夠加強微生物的活動, 肥效耐久, 不僅能夠陸續供給作物營養的需要, 還能夠改進土壤的水、熱和通氣的條件, 增進土壤熟化。有機肥料開釋出的許多CO2能夠供植物營養之用；有機肥猜中的腐殖質,則有刺激植物成長和吸收礦質營養的功效。
化肥的實踐運用率只要30%～45%。丟失的化肥一部分分化開釋到大氣中，一部分則隨著水土流失掉了，還有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收運用。當施入有機肥后，因為有利生物活動改進了土壤結構，添加了土壤保水保肥才能，從而削減了營養的流失。加上有利微生物解磷解鉀效果，能使化肥有效運用率進步到50%以上。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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