微生物肥料施入土壤后，有益微生物在土壤中迅速繁殖，會產(chǎn)生多種對作物有益的代謝產(chǎn)物。這些代謝產(chǎn)物可刺激或調(diào)控作物生長，使作物健壯，達到增產(chǎn)目的。不僅給作物生長提供所需的NPK和中微量元素外，還能為作物提供有機質(zhì)和有益微生物活性菌。 除此之外，微生物肥料中的一些菌種還可以分泌一些刺激素維生素等以刺激作物生長，使作物健壯，營養(yǎng)狀況得到改善。

有機肥料能夠使土壤中的微生物許多繁衍，特別是許多有利的微生物，如固氮菌、氨化菌、纖維素分化菌等。.這些有利微生物，能分化土壤中的有機物，添加土壤的團粒結(jié)構(gòu)，改進土壤組成。微生物在土壤中的繁衍速度非常快，他們就像一張看不見的大網(wǎng)，錯綜復雜。

糞肥中含有豐富的有機質(zhì)和作物所需要的各種營養(yǎng)元素，對增加作物產(chǎn)量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現(xiàn)象增多，各種問題也隨之而來。