有機肥料能夠使土壤中的微生物許多繁衍，特別是許多有利的微生物，如固氮菌、氨化菌、纖維素分化菌等。.這些有利微生物，能分化土壤中的有機物，添加土壤的團粒結構，改進土壤組成。微生物在土壤中的繁衍速度非常快，他們就像一張看不見的大網，錯綜復雜。
有機肥料含有植物所需要的許多營養成分、微量元素、糖類和脂肪。有機肥分化開釋的CO2可作為物光合效果的材料。有機肥還含有氮、磷、鉀5%三要素，有機質45%，可為農作物供給的營養。不得不提的是有機肥在土壤中分化，能夠轉化形成各種的腐殖酸是一種高分子物質，具有很好的絡合吸附功能，對重金屬離子有很好的絡合吸附效果，能有效地減少重金屬離子對作物的毒害，并阻撓其進入植株中，并且維護植腐殖酸物質物的根莖。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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