大量施用化肥、農藥，使土壤受到不同程度的污染，產生一定的毒性。生長在受污染土壤的作物，除了造成生長障礙外，其產品還會對人類帶來危害。消除土壤污染是環境治理的重要內容。微生物肥料的肥效持續時間長，可以減少化肥的施用量，并且它本身無毒無害。微生物肥料具有降解和轉化土壤中有毒物質的能力。這種生物修復是土壤修復的各種措施中經濟有效的措施。
有機肥含有維生素、抗生素等，可增強農作物抗性， 或防止病害發生。有機肥施入土壤后，可增強土壤的蓄水保水才能，在干旱情況下，能增強作物的抗旱才能。有機肥還可使土壤變得疏松，改進作物根系的生態環境，促進根系的成長，增強根系活力，進步作物耐澇才能，削減植物的逝世率，進步了農產品的生存率。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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