大量施用化肥、農藥，使土壤受到不同程度的污染，產生一定的毒性。生長在受污染土壤的作物，除了造成生長障礙外，其產品還會對人類帶來危害。消除土壤污染是環境治理的重要內容。微生物肥料的肥效持續時間長，可以減少化肥的施用量，并且它本身無毒無害。微生物肥料具有降解和轉化土壤中有毒物質的能力。這種生物修復是土壤修復的各種措施中經濟有效的措施。
化肥的實踐運用率只要30%～45%。丟失的化肥一部分分化開釋到大氣中，一部分則隨著水土流失掉了，還有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收運用。當施入有機肥后，因為有利生物活動改進了土壤結構，添加了土壤保水保肥才能，從而削減了營養的流失。加上有利微生物解磷解鉀效果，能使化肥有效運用率進步到50%以上。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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