有機肥料能夠使土壤中的微生物許多繁衍，特別是許多有利的微生物，如固氮菌、氨化菌、纖維素分化菌等。.這些有利微生物，能分化土壤中的有機物，添加土壤的團粒結構，改進土壤組成。微生物在土壤中的繁衍速度非常快，他們就像一張看不見的大網，錯綜復雜。
有機肥中的有利微生物運用土壤中的有機質，產生次級代謝物，其間含有許多的促成長類物質。如成長素，能促進植物伸長成長，脫落酸能促進果實成熟，赤霉素能促進開花坐果，添加開花數、保果率，進步產值，使果實飽滿，色澤鮮嫩，還能提早上市，到達增產增收。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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