有機肥含有維生素、抗生素等，可增強農作物抗性， 或防止病害發生。有機肥施入土壤后，可增強土壤的蓄水保水才能，在干旱情況下，能增強作物的抗旱才能。有機肥還可使土壤變得疏松，改進作物根系的生態環境，促進根系的成長，增強根系活力，進步作物耐澇才能，削減植物的逝世率，進步了農產品的生存率。
化肥的實踐運用率只要30%～45%。丟失的化肥一部分分化開釋到大氣中，一部分則隨著水土流失掉了，還有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收運用。當施入有機肥后，因為有利生物活動改進了土壤結構，添加了土壤保水保肥才能，從而削減了營養的流失。加上有利微生物解磷解鉀效果，能使化肥有效運用率進步到50%以上。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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