有機肥可以提高土壤孔隙度、通透性和植物存活率，增加有益菌、土壤微生物和種群。同時，作物根系形成的優勢有益菌群可以抑制有害病原菌的繁殖，增強作物的抗逆性和抗病能力，降低重茬作物的病情指數。連續幾年的應用可以大大緩解連作障礙。減少環境污染是一種環保肥料，對人、動物、環境安全無毒。

與傳統有機肥相比，生物有機肥的應用效果更好，應用范圍更廣，功能更加多樣化。在通過有機肥改良土壤的基礎上，進一步激活新添加的有益微生物菌.改良土壤，一次達到改善土壤健康的目的。 生物有機肥的施用與傳統有機肥的施用差別不大，但也有一點需要注意。 1.施用時土壤含水量不宜過高。生物菌劑的活性受水的影響很大，尤其是剛施入土壤時，不適當的水分范圍對微生物的繁殖和活性有一定的影響。建議使用生物有機肥時，土壤含水量控制在65%以下。 2.不建議與化肥混用。化肥是中性的酸性和堿性肥料。堿性肥料溶解后形成的弱堿性環境對微生物的繁殖和活性有一定的抑制作用，對有機肥的分解和營養釋放也有一定的抑制作用。此外，在化肥形成的高鹽度水溶液環境中，對微生物也有一定的不利影響。因此，不建議將生物有機肥與化肥混合使用。

生物有機肥的應用更加靈活。生物有機肥中氮、磷、鉀含量相對較低，一般在5%左右，養分含量有限。其主要功能是改善土壤，保持土壤健康。因此，生物有機肥可以作為基肥.種肥.追肥施用不會產生任何不利后果。 因此，雖然生物有機肥是一種新型的有機肥，但其應用與傳統的有機肥施用差別不大。只要我們注意到這些點，就會有一定的應用效果。