有機肥可以提高土壤孔隙度、通透性和植物存活率，增加有益菌、土壤微生物和種群。同時，作物根系形成的優勢有益菌群可以抑制有害病原菌的繁殖，增強作物的抗逆性和抗病能力，降低重茬作物的病情指數。連續幾年的應用可以大大緩解連作障礙。減少環境污染是一種環保肥料，對人、動物、環境安全無毒。
有機肥可以提供農作物所需的養分，提高土壤養分的有效性。由于農作物每年都要從土壤中吸收大量的養分，如何維持和進一步增加土壤養分的儲量，以及土壤改良中的重要問題，有機肥的施用對此起著非常重要的作用。有機肥中含有各種農作物所需的營養元素。施入土壤后，在微生物的作用下，可以不斷釋放，供農作物吸收利用，尤其是補充農作物微量元素。有機肥施入土壤分解后，會產生各種有機酸和碳酸，提高土壤中磷的有限性。此外，有機肥料在土壤中很難以提高能量。.
生物有機肥的應用更加靈活。生物有機肥中氮、磷、鉀含量相對較低，一般在5%左右，養分含量有限。其主要功能是改善土壤，保持土壤健康。因此，生物有機肥可以作為基肥.種肥.追肥施用不會產生任何不利后果。 因此，雖然生物有機肥是一種新型的有機肥，但其應用與傳統的有機肥施用差別不大。只要我們注意到這些點，就會有一定的應用效果。
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