有機肥可以提高土壤孔隙度、通透性和植物存活率，增加有益菌、土壤微生物和種群。同時，作物根系形成的優勢有益菌群可以抑制有害病原菌的繁殖，增強作物的抗逆性和抗病能力，降低重茬作物的病情指數。連續幾年的應用可以大大緩解連作障礙。減少環境污染是一種環保肥料，對人、動物、環境安全無毒。
事實上，過量使用有機肥會造成與過量使用化肥相同的危害。表現為農作物根系吸水困難，容易出現燒根黃葉、幼苗僵硬、葉片變形等癥狀。嚴重的后果是農作物逐漸收縮干燥。過量應該怎么處理? 1.應加強通風，避免氣體損傷的擴散。有機肥料分解過程中產生的氨不會揮發。因此，在重蒸過程中，應增加放氣次數和放氣時間，以便及時將氨排出棚外，避免氣體損傷。 2、增加施肥量，覆根，用水沖洗。 盡量做基肥，深耕后施。改進施肥方法。 一是施用有機肥深施或覆蓋土壤，避免肥料撒在地面上，減少肥料流失、浪費和環境污染。
生物有機肥的應用更加靈活。生物有機肥中氮、磷、鉀含量相對較低，一般在5%左右，養分含量有限。其主要功能是改善土壤，保持土壤健康。因此，生物有機肥可以作為基肥.種肥.追肥施用不會產生任何不利后果。 因此，雖然生物有機肥是一種新型的有機肥，但其應用與傳統的有機肥施用差別不大。只要我們注意到這些點，就會有一定的應用效果。
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