在清淤環節要積極采用環保清淤方式,在環保、成本方面進行綜合考慮,把多種清淤方式相結合。水力沖淤使得淤泥中的污染物擴散,所以要盡量的避免或者當河淤泥污染較輕的時候采用。機械清淤中的挖泥船挖泥清淤不但沒有把淤泥中污染負荷的浮泥去除,反倒在清淤中攪動原本已沉積下來的污染物,使得污染擴散，所以要根據實際在淤泥污染負荷較低的河道采用。 人工沖淤也應要充分的考慮河道結構的現狀及排泥條件。要大力推廣生態清淤，河道清淤公司在底泥污染負荷很大的時候，先進行生態清淤降低污染負荷使至安全范圍，然后進行水力的清淤或者機械式的清淤。

水下清淤是應該注意海流有一定的流向和流速，有的海域還多層流，在這種情況下，海流在不同的深度，有其各自的流向和流速，而且流向和流速隨時間的變化而變化。在江、河中，同樣也存在著水的流動。 水下清淤須派有經驗的潛水員下潛，同時水面應安排有經驗的潛水員擔任應急救護潛水員。 水下清淤潛水員下潛和上升時必須緊握入水繩，必要時應使用鉤。在水底時不得離開行動繩。盡量采用水面減壓法，減壓方案應選用延長方案。

河道淤泥處理的化學固化技術因其較低的處置成本低，且處置過程無污染、資源化利用效率高、固化體穩定性好等優點，成為我國大力支持的河道淤泥處置技術。然而，由于河道淤泥含水率和有機質含量均較高，嚴重影響了固化效果和固化體的強度，開發高效綠色的新型固化材料，成為支撐河道淤泥無害化利用的關鍵。