發酵豬糞是生活中常見的農業廢棄物，很多農民朋友都使用豬糞做有機肥。但是經過發酵的豬糞施給作物的話，因為發酵不徹底，會發生“二次發酵”的現象，當發酵條件具備時，在微生物的活動下，生糞發酵：當發酵部位距根較近或作物植株較小時，發酵產生的熱量會影響作物生長，引起“燒根、燒苗”，嚴重時會導致植株死亡。而且生豬糞中的細菌比較多，很容易造成作物的病蟲害。

自然發酵法很簡單，將豬糞混合加入秸稈堆放在一起，澆上水。然后覆蓋上塑料薄膜進行自然發酵，這是利用高溫，將豬糞中的病菌殺滅。也可以在豬糞中加上多菌靈、福美雙等殺菌劑，殺滅病菌。在發酵時，將薄膜和豬糞間保留一點縫隙，使微生物能大量繁殖，促進發酵。 豬糞自然發酵成有機肥的時間較長，一般需要兩三個月的時間，等到沒有臭味，變成褐色肥料之后，才算發酵完成。如果使用沒有完全腐熟的豬糞，可能會出現燒根等肥害，增加病蟲害的發生。

豬糞和秸稈混合之后，將混合好的生物菌和玉米面撒到上面，然后澆水，豬糞較干時，可以增加水的用量，豬糞含水量大時，就可以少用水，最后堆悶漚制成有機肥，堆漚的面積和長度不受限制。經過發酵兩三天之后，再進行翻一遍。 豬糞發酵時，加上有機肥發酵劑，能節省發酵時間，大概7~10天的時間就能發酵好，適合大量的豬糞處理，發酵速度快，而且還能防止豬糞腐熟不徹底。