豬糞是一種很好的農家肥，據統計，年出欄在千頭左右的豬場，每天產豬糞可達1.2噸左右，豬糞含有豐富的氮、磷、鉀等養分，而且富含有機質，是培肥改良土壤的有機肥資源。但如果直接施用鮮豬糞便，會產生作物傷根、病害、草害等負面影響。 如果按傳統自然發酵，也存在以下幾個弊端： 1.堆漚時間長，一般需要4-6個月，氣溫低時時間更長，而且堆漚發酵效果差； 2.長期堆置既占場地，又對周圍環境造成污染； 3.自然堆漚發酵的糞便呈爛濕狀、惡臭，難以運輸，也很難直接施用； 4.自然堆漚發酵不能很好地清除豬糞里的病原菌、蟲卵等有害物質。

自然發酵法很簡單，將豬糞混合加入秸稈堆放在一起，澆上水。然后覆蓋上塑料薄膜進行自然發酵，這是利用高溫，將豬糞中的病菌殺滅。也可以在豬糞中加上多菌靈、福美雙等殺菌劑，殺滅病菌。在發酵時，將薄膜和豬糞間保留一點縫隙，使微生物能大量繁殖，促進發酵。 豬糞自然發酵成有機肥的時間較長，一般需要兩三個月的時間，等到沒有臭味，變成褐色肥料之后，才算發酵完成。如果使用沒有完全腐熟的豬糞，可能會出現燒根等肥害，增加病蟲害的發生。

豬糞和秸稈混合之后，將混合好的生物菌和玉米面撒到上面，然后澆水，豬糞較干時，可以增加水的用量，豬糞含水量大時，就可以少用水，最后堆悶漚制成有機肥，堆漚的面積和長度不受限制。經過發酵兩三天之后，再進行翻一遍。 豬糞發酵時，加上有機肥發酵劑，能節省發酵時間，大概7~10天的時間就能發酵好，適合大量的豬糞處理，發酵速度快，而且還能防止豬糞腐熟不徹底。