牛糞能作基肥，培育圍網內有益生物供黃鱔食用，促進 黃鱔生長。 實踐證明，每1 000米養殖黃鱔面積，施用新鮮的青黑色牛糞 2 50～ 400公斤 ，能防治黃鱔腸炎、爛尾和出血等病。 一般施用過 牛糞 的比未施用過 牛糞 的發病率低 4.6%，而 且施用過牛糞的鱔池或圍網內，黃鱔發病后用藥效果，比未施用過牛糞的鱔池或圍網內黃鱔發病后用藥效果要好得多。牛糞施入鱔池中，具有調劑泥層和水體酸堿度的作用， 而且牛糞中還會有百草中的微量元素。因此，施用后能提高黃鱔對疾病的抵抗能力。
牛糞必須經過發酵分解后才能用于農作物，否則牛糞中的某些病原微生物會灼傷農作物的根部。晾曬都可以，但曬干后，牛糞的部分營養會流失。牛糞經烘干機烘干，可達到烘干、除臭的目的。它還可以減輕手工勞動強度等。
牛糞自然發酵可采用以下方法: 1.晾干水分后，讓其自然堆積，堆積溫度達到60以上時保持24小時，然后上下翻轉，里里外外，繼續發酵。這個過程進行三次，達到發酵的目的。但是，這樣難聞的氣味不僅污染環境，還會造成營養物質的大量流失。 2.用微生物發酵法處理牛糞，不僅可以加快發酵進程，縮短發酵時間，防止浪費，提高牛糞的營養價值；而且牛糞可以在發酵溫度下干燥，節省能耗，成本低，操作簡單，易于推廣，因此受到用戶的歡迎。
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