自然發酵法很簡單，將豬糞混合加入秸稈堆放在一起，澆上水。然后覆蓋上塑料薄膜進行自然發酵，這是利用高溫，將豬糞中的病菌殺滅。也可以在豬糞中加上多菌靈、福美雙等殺菌劑，殺滅病菌。在發酵時，將薄膜和豬糞間保留一點縫隙，使微生物能大量繁殖，促進發酵。 豬糞自然發酵成有機肥的時間較長，一般需要兩三個月的時間，等到沒有臭味，變成褐色肥料之后，才算發酵完成。如果使用沒有完全腐熟的豬糞，可能會出現燒根等肥害，增加病蟲害的發生。

豬糞發酵成有機肥可以用生物發酵方法，需要的原料有豬糞、發酵劑、玉米面、秸稈等。將需要腐熟的豬糞倒入田間攤開，然后加上適量的花生秸稈。加上秸稈能調節有機肥中的碳氮比，提高透氣性。 在發酵時，加入生物菌劑，它的作用是為了促進發酵，能快速腐熟。不同的發酵劑的用量也不同，農戶可按照要求的用量使用。生物菌劑和玉米面混合均勻，玉米面的作用是提供微生物活動的載體，有利于微生物的繁殖，加快發酵速度。

豬糞和秸稈混合之后，將混合好的生物菌和玉米面撒到上面，然后澆水，豬糞較干時，可以增加水的用量，豬糞含水量大時，就可以少用水，最后堆悶漚制成有機肥，堆漚的面積和長度不受限制。經過發酵兩三天之后，再進行翻一遍。 豬糞發酵時，加上有機肥發酵劑，能節省發酵時間，大概7~10天的時間就能發酵好，適合大量的豬糞處理，發酵速度快，而且還能防止豬糞腐熟不徹底。