較初發酵的中層糞液通過糞管流向第二格，第二格經發酵、分解、沉淀后溢流至第三格，第三格經沉淀、過濾后流向下水道。正是這種分割發酵的原理使得清理化糞池變得危險。池內沼氣易燃易爆，操作前應充分散發，周圍不得有明火。吸糞時避免弄臟工作場地和路人的衣服。蓋子打開后，要有人看管，蓋子要清理干凈，防止行人掉入。正式清理化糞池。勾開化糞池蓋板15分鐘，將吸糞車開到作業現場，將吸糞管放入化糞池內，然后用鏟子攪拌化糞池內的糞便結塊層，邊攪拌邊排水，啟動吸糞車開關，將糞便吸出，直至將化糞池內的硬塊吸走，蓋好化糞池蓋板，用清水沖洗作業現場。但是也不排除一些特殊的困難情況，需要人工清理，所以清理化糞池的每一個工作者都是非常困難和偉大的。

如果去指定的糞污處理廠處理，清理工作現場，需要清理氣道，蓋好井蓋，切斷電源，關閉水源，這樣不僅可以達到化糞池的效果，更重要的是污染源不一樣！清掏化糞池，在當今社會，是一件相對簡單的事情，但也是一件相對危險的事情，因為清掏化糞池無論從工作量還是工作難度來說，都不算難。但是長時間在化糞池里堆肥，容易產生各種有害氣體，還是比較危險的。對于清掏化糞池中涉及的人員，工作時需要格外注意。

化糞池分為磚砌化糞池和玻璃鋼化糞池。污泥將按期清理外運、掩埋或用作肥料。污水進入化糞池沉淀12 ~ 24小時后，可去除50%~60%的懸浮物。生活污水中含有大量的糞便、紙屑和致病昆蟲。懸浮物濃度為100~350mg/L，有機物BOD5濃度約為100~400mg/L，其中懸浮有機物BOD5濃度為50 ~ 200 mg/L，沉降污泥經過3個多月的厭氧消化，污泥中的有機物分解為非混沌的無機物，易腐的原污泥轉化為非混沌的熟污泥，改變了污泥的結構，降低了污泥和沉積物的含水量。