水和沉積物中含有大量的鈣離子，堿度較高的池塘不宜施用生石灰，因為如果再次施用生石灰，磷酸鹽沉淀越固定越完整，會降低水中有效磷的濃度，造成水體缺磷，影響甚至限制水生植物的生長。藻類豐富、pH值高的水，生石灰往往會引起堿中毒或大量藻類死亡，導致水質惡化、魚蟹蝦死亡等。需要注意的是，藍藻爆發的水體不宜使用生石灰。藍藻爆發水體的pH值偏高(堿性)，因為生石灰的應用會促使藍藻瘋狂生長。使用生石灰后，水中的磷酸鹽沉淀越多越固定，越完全會降低水中有效磷的濃度，造成水體缺磷，影響甚至限制水生(浮)植物的生長，可能造成養魚產量低。當老化的水和水體老化(發臭)時，水中往往會有大量的氨氮物質。當生石灰使用后pH值升高時，會引起分子態氮迅速增加，有害性可能是原來的幾百倍，容易導致魚類氨中du。臭水往往含有大量的氨氮。使用生石灰后，pH值迅速上升，會導致分子態氮迅速上升，毒性是原來的幾百倍，引起氨中du。

在養殖甲魚的過程當中，我們常常會使用生石灰對養殖池進行消毒，讓養殖池中的有害生物無法存活，達到效果的效果。生石灰消毒的方法雖然簡單、便宜，但是生石灰的使用也是有要求的，那么甲魚養殖過程中如何正確的使用生石灰呢？生石灰的消毒原理是利用氧化鈣和水反應生成氫氧化鈣，使水質呈強堿性，導致病原微生物和野雜魚蝦難以存活而死亡，從而達到清塘消毒的目的。對大多數繁殖型病原菌有較強的消毒作用。另外，生石灰能中和池內酸度，提高水體堿度，調節水體pH值；能與銅、鋅、鐵等結合而減輕水體毒性；促進池底厭氧菌群對有機質的礦化和腐殖質分解，使水中懸浮的膠體顆粒沉淀，提高池水的透明度；可改良底質，增加鈣肥，提高水生植物對鈣、磷的利用率，有利于浮游生物繁殖，保持水體良好的生態環境。

巧用生石灰 對于水產養殖者來說，生石灰是個好東西，來源廣、效果好，而且功能也很強大，我們在養殖時一定要好好利用生石灰。可用作水質調節劑。如果小龍蝦養殖的稻田 水質易呈酸性、老化時，可用濃度為15 - 20毫克/升的生石灰液全池潑灑，能夠調節水質，改善水體養殖環境。另外，定期在養蝦的稻田里潑灑生石灰，可有效增加水體的鈣含量，有利于小龍蝦殼質的形成，促進蛻殼的順利進行。可用作防霉劑。部分用于水產養殖的飼料，特別是用秸稈類制作的飼料，存放一定時間會發生霉變，若在飼料中加入一定量的生石灰，使其處于堿性條件下，可抑制和殺死微生物，從而起到一定的防霉保鮮作用。可用作稻田涵洞的填料劑。在稻田加高加固田埂中埋入注水管道、排水管道時，用生石灰作為填料堵塞管道周圍的縫隙，既可以填充縫隙，又能防止黃鱔、蛇、鼠等順著管道打洞，效果較好。可用作消毒劑。