潔凈實驗室的通風系統一般采用組合式空調機組。其送風系統與各行業潔凈室工程的區別在于，并不是所有的實驗室都可以配備回風系統，這取決于用戶的實驗室和實驗產品的使用情況。類似生物安全實驗室，不可能做回風系統，還是要建設成全排潔凈室。實驗室凈化除了以上內容，一定要記住凈化工程的年級設計也很重要。一般情況下，一般無菌室實驗室的潔凈度等級是10000，而一般實驗室的布局設計是100000 ~ 10000。

實驗室凈化主要檢測區域的壓力梯度和氣流方向為:試劑制備區、標本制備室、擴增區、產物分析區和測序室。壓力梯度不能混亂，氣流方向不能停滯或向后。同時，每個區域的緩沖室側與主測試區域之間的壓力差為+5Pa，以防止污染空氣從測試區域流向非污染區域。另外，PCR實驗室要充分通風，但同時也要考慮夏季和冬季的室內溫度過程要求和舒適度要求。

潔凈實驗室裝修常用材料選擇要求:實驗室的天花板采用防塵、光滑、阻燃的彩鋼板，兩面用槽鋁密封，彩鋼板用中性中國白玻璃膠密封。實驗室凈化區域專用PVC地板膠鋪地，防火等級Bl，耐酸、耐堿、耐腐蝕、耐磨性能符合國家標準實驗室要求；實驗室墻壁采用防塵、光滑、防火的彩鋼板，鋼板夾層。地槽采用50X30槽鋁，地槽用鋼釘和木塊固定。與地面和墻面、墻面和墻面、墻面和頂棚的過渡采用半徑為50mm的鋁合金圓弧處理；彩鋼板與彩鋼板之間用中性中國白玻璃膠密封，防止裂縫滋生細菌。