果蔬通過冷卻后，即可送入冷藏庫冷藏。冷藏溫度與相對濕度均要保持安穩，最好在吸入管線上裝有恒壓閥，不得有較大的動搖，否則將直接影響果蔬的呼吸作用，如溫度過高，相對濕度過大，將使果蔬的呼吸作用加快，引起它的蛻變腐朽。

同時，也會使果蔬“出汗”，在其表面呈現水滴而有利于微生物的生長繁殖，不耐儲藏;溫度過低，相對濕度過小，又會引起凍傷果蔬，發作低溫病害，且使果蔬干縮 (如蘿卜呈現空心)。所以，一般果蔬冷卻的冷藏溫度在1~-1℃之間，相對濕度對水果一般要求在90-95%，在蔬菜一般要求在85-90%。假如相對濕度過低，可在鼓風機前配備自動噴霧器，清潔的水隨冷風形成細細小的霧狀噴向果蔬冷藏庫的空氣中，以調節其空氣濕度，也可向冷藏間噴灑清水或在包裝容器上蓋上澆濕的草席。假如相對濕度過高，可在冷間墻角處放些吸濕性的物質。如塊石灰、無水氯化鈣、枯燥的木炭等，以減少濕度。

果蔬冷庫安裝時的空氣流速不宜過大，一般選用天然循環。果蔬在冷藏庫期間，由于呼吸作用將放出二氧化碳，當空氣中積存過多的二氧化碳(12-15%)時，就能促進果蔬的缺氧呼吸，發作許多不完全分解的，如乙醇，乙酮和丙酮酸等中心產品，使果蔬細胞組織發作中毒現象(二氧化碳生理毒害)，加速果蔬的變老和死亡，致使果蔬不能長時刻醛藏。因此，果蔬冷藏庫內裝有通風管道，以便冷藏期間進行通風換氣，排除庫內過量的二氧化碳，換進新鮮空氣。通風次數和時刻不宜過多和過長，否則將加速果蔬的呼吸作用，然后縮短其冷藏時刻。

實驗證明，空氣中含有適當的二氧化碳量是必要的，這樣可延緩果蔬的呼吸和成熟，并按捺微生物的活動。借助冷風機通風換氣的時刻在冬季以正午或傍晚為宜，在夏季以午夜或清晨為宜，一般在入庫初期，每天定時通風換氣兩次即可。今后可根據庫房空氣清新程度和有無異味或酒精味，來掌握換氣次數和時刻。假如有的時節氣溫高，不適宜換新鮮空氣，可在庫內裝置帶有溴化活性炭(溴有腐蝕性，不宜大量選用)。

不同的果蔬要求有不同的冷藏溫度，所以要盡量做到分庫冷藏，其平均容重為340公斤/m3，例如，南邊產的柑桔和北方產的蘋果耐寒力不同，因此要求冷藏溫度不同，故不能在同一庫房內冷藏。柑桔的冷藏溫度為1-2℃左右，相對濕度在90%左右;而蘋果的冷藏溫度為 1~-1℃，相對濕度在90-95%左右;又如熱帶產的香蕉要求有更高的冷藏溫度，一般為12~16℃。有強烈氣味的蔬菜，如洋蔥、蒜苗等也應單獨冷藏，以免與其他果蔬沾染異味。

總歸，果蔬冷藏庫在冷藏期間要求有安穩的適宜的溫度和相對溫度，冷間溫度與蒸騰溫度的溫差應控制在3-10℃之間，要求相對濕度低的產品，溫差可選用大一些。這樣可使它們的生理活動降低到最低極限。果蔬冷藏的溫、濕度推薦條件。