當易碎生物或物料的交叉污染會危及產品降雨或人身安全時，還應采取安全可靠的技術措施防止交叉污染，如嚴格控制不同選定GMP車間凈化之間的靜壓差，合理劃分凈化空調系統，按要求合理設計回風系統等。GMP車間凈化的設計是各種專業設計技術的綜合，尤其是GMP車間凈化的工藝設計、潔凈建筑設計、空氣凈化設計以及各種有特殊要求的設計技術的綜合設計，緊密配合，相互滲透，合理安排。GMP車間凈化工程設計應符合工藝(或使用)流程。

如果不能遠離嚴重的大氣污染源，應位于其高頻風向的上風側，或其低頻風向全年的下風側。車間凈化工程配套設施的要求。凈化車間的一些配套設施也分為凈化通道、管理用房、設備用房、電源用房、物料交換用房等幾個區域。配套的設備也需要一定的人員來操作，尤其是一些主要設備需要定期的檢查和維護，這樣凈化效果才能保持非常高的標準運行。車間凈化工程的建設要求主要集中在凈化工程材料的選擇、車間凈化工程環境、車間凈化工程配套設施的準確要求。

一般情況下，內門通常只沿門縫設置一圈密封條，一條密封線就夠了。而材料人群的外門和潔凈車間的生產區直接通向外門。為了可靠地防止室外空氣對人的侵害，除了氣閘和雙扇門，而且建筑和風機的截面比一般內門大得多，通常用兩條密封條形成兩道密封線。為了使密封條滿足截面小、受力后壓縮量大的要求，并與受壓構件有足夠的接觸和良好的密封條件，通常制成不同種類的橡膠空心薄壁異型管；而且大部分都是成型品。有多種截面形式，嵌入位置和方式不同。