合理選擇各種設備和裝置，力求實現人流和物流的順暢和短流程，合理選擇氣流流型樣本，合理配置凈化空調系統，合理采用各種有特殊要求的技術措施，合理布置潔凈廠房的平面和空間，實現可靠、經濟的運行。GMP車間凈化設計應保證安全生產并符合環保要求。GMP車間凈化的安裝和各種設施的設計必須滿足消防和防火的要求，并應按有關標準和規范進行設計。由于GMP車間凈化中獨特的布局和空間以及曲折的走道，在系統設計、設備配置和各種技術設施的材料樣品選擇中，應特別注意選擇符合要求的系統、設施和材料。

凈化工程中的環境應保持一定的濕度。比如中國北方，由于冬季天氣干燥，靜電導致的事故或故障比沿海地區高。因此，在一些凈化工程中要考慮濕度要求，如機房、實驗室、化工車間、制藥車間等。應特別注意封閉的空調房。在這些凈化項目中更要注意濕度，一般要增加控制濕度的凈化設備。還可以要求技術工人在操作時佩戴防靜電手套，也可以有效防止靜電的產生。將一些導體或半導體器件放入各種抗靜電塑料制成的抗靜電器皿中，可以有效防止靜電的產生。如果條件允許，也可以將設備放入金屬器皿中。

密封條設置在門經常開關的情況下，除了有些外門全部設置在門扇上，以避免重型設備和其他運輸的碰撞，或者有些內門由于車間運輸不允許在地面設置門檻，只能在靠近地面的門扇底部安裝懸掛式清掃密封條。一般為了盡可能避免密封條接觸、踩腳或被車撞，少受人和運輸的影響，在上面鋪設長寬只有幾毫米的小截面形狀的彈性密封條。密封條應沿著活動縫隙的四周連續鋪設，以便在車門關閉后形成一條封閉的環形密封線。門樓和門扇分別設置密封條時，要注意兩者之間的良好連接，盡量減少密封條在門縫處的中斷縫隙。