在設計前，應了解流程類型，并采用合適的入口風速。在PCR實驗室凈化，如果風速太低，有害氣體可能無法完全消除；風速過高會增加能耗，影響柜內工藝操作，如電爐正常加熱，溶劑蒸發加速。通風柜應根據不同種類的測試分成不同的系統。一般每個PCR實驗室凈化系統至多只能有四個通風柜，注意不要把強酸、強氧化劑和易燃易爆系統混在一個PCR實驗室凈化系統中。盡量使用補風通風柜，可以減少70%左右的排煙熱損失。

實驗室凈化技術夾層分為頂層技術夾層和房間技術夾層。頂部技術夾層的供回風管截面較大，一般布置在夾層頂部，下方布置電氣管線。當地板承載能力比較強的時候，可以在上面布置過濾器和排風設備。技術夾層相對于房間的頂層，可以減少夾層的布線和高度，風扇和動力設備的配電可以設置在較低的過道。潔凈室的上通道也可以作為上層的下通道。技術通道的設計布局一般是垂直和筆直的，也可以放置一些不適合潔凈室的輔助設備。甚至可以作為一般的回風風道或靜壓箱，有的還可以配光管散熱器。因為這些技術壁壘(墻)大多采用輕質隔墻，所以在技術調整的時候可以很容易的調整。

實驗室凈化工程不僅起到保護實驗樣品安全的作用，也是保證實驗成功和實驗人員安全的重要措施之一。實驗室凈化工程是將實驗室的某一區域開辟出來，專門用于建造空氣潔凈，對實驗環境要求相對較高的實驗室或無菌室。實驗室凈化工程系統其實和傳統的潔凈室系統差不多，只是潔凈室的壓力、微生物控制、溫濕度控制比工業潔凈室更嚴格。常見的實驗室凈化工程裝修材料有夾層彩鋼板、鋼化玻璃、防火板等。潔凈實驗室必須按照潔凈室施工及驗收標準，采用密封性好、不產生粉塵的材料進行隔斷和吊頂裝修。潔凈實驗室的通風系統一般采用組合式空調機組。