為了防止室外污染源進入潔凈區，使室內壓力高于潔凈區外的壓力，潔凈區內的壓力成為正壓潔凈區；相反，為了防止潔凈區內的污染源向實驗室外部擴散，使內部壓力低于外部壓力，這種實驗室就成為負壓潔凈區。所以潔凈室的正負壓力是相對的，主要取決于各個實驗室的相對壓力。PCR實驗室凈化有嚴格的壓力梯度，所以有嚴格的氣流方向。相鄰實驗區之間的壓力差為5Pa，實驗區與緩沖區之間的壓力差為5Pa。

實驗室凈化主要檢測區域的壓力梯度和氣流方向為:試劑制備區、標本制備室、擴增區、產物分析區和測序室。壓力梯度不能混亂，氣流方向不能停滯或向后。同時，每個區域的緩沖室側與主測試區域之間的壓力差為+5Pa，以防止污染空氣從測試區域流向非污染區域。另外，PCR實驗室要充分通風，但同時也要考慮夏季和冬季的室內溫度過程要求和舒適度要求。

潔凈實驗室裝修常用材料選擇要求:實驗室的天花板采用防塵、光滑、阻燃的彩鋼板，兩面用槽鋁密封，彩鋼板用中性中國白玻璃膠密封。實驗室凈化區域專用PVC地板膠鋪地，防火等級Bl，耐酸、耐堿、耐腐蝕、耐磨性能符合國家標準實驗室要求；實驗室墻壁采用防塵、光滑、防火的彩鋼板，鋼板夾層。地槽采用50X30槽鋁，地槽用鋼釘和木塊固定。與地面和墻面、墻面和墻面、墻面和頂棚的過渡采用半徑為50mm的鋁合金圓弧處理；彩鋼板與彩鋼板之間用中性中國白玻璃膠密封，防止裂縫滋生細菌。