凈化實驗室應設在粉塵低、自然環境好的地方；遠離鐵路、碼頭、機場和交通要道；也不適合在排放大量粉塵和有害氣體的工廠、倉庫周圍。應盡可能避開空氣污染、振動或噪音干擾嚴重的區域。裝修凈化實驗室時，風管的選擇很重要，要注意其密封性。安裝好的風管需要進行漏光和氣密性測試，風管的各項性能需要測試。選擇耐腐蝕抗老化的材料，否則風道后期使用會出現問題，影響正常使用。凈化實驗室的位置應布置在環境清潔、人流不交叉或少交叉的區域；潔凈車間周圍應進行綠化。可以鋪草坪，可以種對大氣中粉塵濃度沒有不良影響的樹，可以形成綠色社區。

為了防止室外污染源進入潔凈區，使室內壓力高于潔凈區外的壓力，潔凈區內的壓力成為正壓潔凈區；相反，為了防止潔凈區內的污染源向實驗室外部擴散，使內部壓力低于外部壓力，這種實驗室就成為負壓潔凈區。所以潔凈室的正負壓力是相對的，主要取決于各個實驗室的相對壓力。PCR實驗室凈化有嚴格的壓力梯度，所以有嚴格的氣流方向。相鄰實驗區之間的壓力差為5Pa，實驗區與緩沖區之間的壓力差為5Pa。

潔凈實驗室裝修常用材料選擇要求:實驗室的天花板采用防塵、光滑、阻燃的彩鋼板，兩面用槽鋁密封，彩鋼板用中性中國白玻璃膠密封。實驗室凈化區域專用PVC地板膠鋪地，防火等級Bl，耐酸、耐堿、耐腐蝕、耐磨性能符合國家標準實驗室要求；實驗室墻壁采用防塵、光滑、防火的彩鋼板，鋼板夾層。地槽采用50X30槽鋁，地槽用鋼釘和木塊固定。與地面和墻面、墻面和墻面、墻面和頂棚的過渡采用半徑為50mm的鋁合金圓弧處理；彩鋼板與彩鋼板之間用中性中國白玻璃膠密封，防止裂縫滋生細菌。