實驗室凈化主要檢測區域的壓力梯度和氣流方向為:試劑制備區、標本制備室、擴增區、產物分析區和測序室。壓力梯度不能混亂，氣流方向不能停滯或向后。同時，每個區域的緩沖室側與主測試區域之間的壓力差為+5Pa，以防止污染空氣從測試區域流向非污染區域。另外，PCR實驗室要充分通風，但同時也要考慮夏季和冬季的室內溫度過程要求和舒適度要求。

潔凈實驗室是指對室內空氣環境參數如細菌濃度、塵埃數、溫度、濕度和壓力、潔凈度、溫度、濕度和氣流速度等的控制。通過人工控制和使用清潔技術。空氣潔凈度是指潔凈空氣環境中空氣的含塵量，空氣潔凈度的高低用粉塵濃度來劃分。潔凈度是指每升空氣中含有的粒徑≥0.5um的塵埃粒子的總顆粒數。中國的空氣潔凈度標準分為:100、1000、10000、100000。國際標準分為:一級、二級、三級、四級、五級。一般潔凈室分為兩級隔離，一級隔離通過生物安全柜、負壓隔離器、正壓防護服、手套、眼罩等實現。二級隔離通過實驗樓、空調凈化和電氣控制系統實現。

潔凈實驗室裝修常用材料選擇要求:實驗室的天花板采用防塵、光滑、阻燃的彩鋼板，兩面用槽鋁密封，彩鋼板用中性中國白玻璃膠密封。實驗室凈化區域專用PVC地板膠鋪地，防火等級Bl，耐酸、耐堿、耐腐蝕、耐磨性能符合國家標準實驗室要求；實驗室墻壁采用防塵、光滑、防火的彩鋼板，鋼板夾層。地槽采用50X30槽鋁，地槽用鋼釘和木塊固定。與地面和墻面、墻面和墻面、墻面和頂棚的過渡采用半徑為50mm的鋁合金圓弧處理；彩鋼板與彩鋼板之間用中性中國白玻璃膠密封，防止裂縫滋生細菌。