甘油三酯主要是在小腸里，經膽汁酸作用，被乳化成細小的膠體微滴;再在胰脂肪酶的作用下，水解成兩個分子的脂肪酸和一個分子的甘油單酯，之后被腸道上皮細胞吸收。　　由于中鏈甘油三酯的親水性比較強，形成的乳化膠體微滴更小，所需要的乳化劑(即膽汁酸)更少，因此更容易發生水解反應。換句話說，中鏈甘油三酯的消化速度要比長鏈甘油三酯快中鏈脂肪酸僅需要幾分鐘就能直接從腸道上皮細胞吸收，再通過肝門靜脈進入血液循環。

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而長鏈脂肪酸要在腸道上皮細胞里重新與甘油結合成甘油三酯，再與載脂蛋白、磷脂和膽固醇形成乳糜微粒，而后才能經淋巴系統進入血液循環，需3～4個小時才能完成。因此中鏈甘油三酯比長鏈甘油三酯吸收更快，是一種能快速提供能量的養分。在肝臟和肌肉組織里，脂肪酸的分解代謝是在細胞的線粒體內進行的。與長鏈脂肪酸不同，中鏈脂肪酸不依靠 L-肉鹼穿梭系統的運載就能進入線粒體。或者說，它們的分解代謝不受L-肉鹼穿梭系統的限制。其結果是中鏈脂肪酸比長鏈脂肪酸更容易發生氧化，能隨時提供熱能而不易被儲存。此外，由于中鏈脂肪酸的鏈比較短，在沒有發生延長碳鏈的代謝反應前，它們不能作為脂肪細胞的結構材料被使用。 

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