穿梭式貨架相比于貫通式貨架。它可以視作為貫通貨架的升級版。穿梭式貨架優點是存儲效率更高、更安全、更穩定、空間利用率更高。這里具體說一下。穿梭式貨架由一定數量的貨架組成且借助穿梭車將貨物運輸完成出入庫工作。兩三千貨位使用一臺穿梭車。它們同時都運用叉車，但穿梭式貨架僅僅用叉車把貨放在穿梭貨架的一頭即可，隨后過程交給穿梭臺車；而貫通式貨架則需求叉車進入貨架的內部進行上貨與取貨的操作。這么削減或避免了對貨架的可能的危害。

貫通式貨架和穿梭式貨架都屬于密集型的倉儲貨架，有效提高庫房存儲空間。這兩種貨架都需要借助叉車來進行存儲作業。穿梭式貨架需要利用叉車將貨物放置在貨架的一端，然后再由穿梭小車將貨物放到指定的位置上。貫通式貨架的存儲方式和穿梭式貨架不同，因為其沒有設計叉車通道，所以存儲貨物時，需要叉車到貨架內部存儲貨物，通常會在叉車通道中設置安裝叉車導軌。 穿梭車貨架具備自動化的功能，但是貫通式貨架沒有；貫通式貨架造價成本相比較穿梭式貨架要低；貫通式貨架主要和叉車配合使用，而穿梭式貨架通常和其他自動設備一起搭配使用。

子母穿梭車貨架是分子穿梭車和母穿梭車兩種，貨物由母穿梭車運送到各個子穿梭車上，子穿梭車再把貨物自動輸送到相應的貨位上，取貨則相反。 從結構及貨物存取方式看，子母穿梭車重型貨架的優勢是非常明顯的，可以實現貨物全自動化存取，提高了倉庫作業效率。因為是穿梭車運送貨物，中間無需預留叉車通道，實現貨物密集型存儲。這是子母穿梭車貨架的兩大優勢，適用于多量少樣的食品、飲品、化工、煙草等單品種批量大，品項相對單一的行業。