混合氨基酸一般在樹脂上分離純氨基酸組分，其分離原理是基于樹脂對不同氨基酸的選擇性。選擇性大小的順序為：堿性氨基酸＞中性氨基酸＞酸性氨基酸。當解吸時，氨基酸流出順序正好相反，酸性氨基酸.先流出樹脂柱。決定氨基酸流出順序的另外一個因素是氨基酸側鏈的疏水性。

料液中的陽離子含量：由于離子交換樹脂催化劑是一種強酸性的陽離子交換劑，它對所有常見的一些陽離子（如鈣、鎂、鈉、鉀、鐵等）都有較好的選擇性，因此，當料液中含有這些離子或人為地帶入這些離子時，會迅速的被催化劑中H+所置換，從而使樹脂的活性降低。這是導致催化劑失活的.常見和.主要的原因。一般可用保護凈化床去除。

大孔樹脂內部的孔隙又多又大，表面積很大，活性中心多，離子擴散速度快，離子交換速度也快很多，約比凝膠型樹脂快約十倍。使用時的作用快、效率高，所需處理時間縮短。大孔樹脂還有多種優點：耐溶脹，不易碎裂，耐氧化，耐磨損，耐熱及耐溫度變化，以及對有機大分子物質較易吸附和交換，因而抗污染力強，并較容易再生。