微生物肥料是指特定微生物與營養物質復合而成，能提供、保持或改善植物營養，提高農產品產量或改善農產品品質的活體微生物制品。活化土壤，解磷解鉀。微生物肥料含有大量有益微生物，能分解有機殘體，形成土壤腐殖質，改善土壤結構和理化性狀，可將植物不能吸收的物質轉化為有效養分，供植物吸收利用。肥料進入土壤后，微生物在有機質、無機營養元素、水分、溫度的協助下大量繁殖，減少了有害微生物群體。

土壤中的微量元素95%以不溶態形式存在，不能被植物吸收運用，而微生物代謝產物中含有許多的有機酸類物質，這些物質就像在冰塊中加入的熱水一樣，很快就能把微量元素如鈣、鎂、硫、銅、鋅、鐵、硼、鉬等植物必需的礦物元素溶解，變成能夠被植物直接吸收運用的營養元素，大大添加了土壤的供肥才能。有機肥猜中的有機質添加了土壤中的有機質含量，使得土壤粘結度降低，砂性土壤保水保肥功能變強，從而土壤形成穩定的團粒結構，便能夠發揮良好的肥力和諧供給才能。用過有機肥，土壤會變得疏松、肥美。

糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。