有機肥料含有多種營養, 有豐富的有機物, 能夠加強微生物的活動, 肥效耐久, 不僅能夠陸續供給作物營養的需要, 還能夠改進土壤的水、熱和通氣的條件, 增進土壤熟化。有機肥料開釋出的許多CO2能夠供植物營養之用；有機肥猜中的腐殖質,則有刺激植物成長和吸收礦質營養的功效。

有機肥含有維生素、抗生素等，可增強農作物抗性， 或防止病害發生。有機肥施入土壤后，可增強土壤的蓄水保水才能，在干旱情況下，能增強作物的抗旱才能。有機肥還可使土壤變得疏松，改進作物根系的生態環境，促進根系的成長，增強根系活力，進步作物耐澇才能，削減植物的逝世率，進步了農產品的生存率。

糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。