微生物肥料施入土壤后，有益微生物在土壤中迅速繁殖，會產生多種對作物有益的代謝產物。這些代謝產物可刺激或調控作物生長，使作物健壯，達到增產目的。不僅給作物生長提供所需的NPK和中微量元素外，還能為作物提供有機質和有益微生物活性菌。 除此之外，微生物肥料中的一些菌種還可以分泌一些刺激素維生素等以刺激作物生長，使作物健壯，營養狀況得到改善。

土壤中的有機質能顯著改進土壤的理化性狀，使土壤耕性變好，滲水才能增強，進步土壤蓄水、保肥、供肥和抗旱防澇才能，增產明顯，這是化肥不能代替的。添加土壤有機質的方法主要是增施有機肥，包括人畜糞尿、土雜肥、秸稈、商品有機肥等。

糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。