生態有機肥具有完整的營養元素，可以改善土壤板結，改善化肥使用造成的土壤板結。改善土壤理化性質，增強土壤保水、保肥、供肥能力。 生物有機肥中的有益微生物進入土壤后，與土壤中的微生物形成共生增殖關系，抑制有害細菌的生長，轉化為有益細菌，相互作用，相互促進，起到群體協同作用。有益細菌在生長繁殖過程中產生大量代謝產物，促進有機物的分解和轉化，可以直接或間接為作物提供各種營養和刺激性物質，促進和控制作物的生長。

　有機肥可以提供農作物所需的養分，提高土壤養分的有效性。由于農作物每年都要從土壤中吸收大量的養分，如何維持和進一步增加土壤養分的儲量，以及土壤改良中的重要問題，有機肥的施用對此起著非常重要的作用。有機肥中含有各種農作物所需的營養元素。施入土壤后，在微生物的作用下，可以不斷釋放，供農作物吸收利用，尤其是補充農作物微量元素。有機肥施入土壤分解后，會產生各種有機酸和碳酸，提高土壤中磷的有限性。此外，有機肥料在土壤中很難以提高能量。.

生物有機肥的應用更加靈活。生物有機肥中氮、磷、鉀含量相對較低，一般在5%左右，養分含量有限。其主要功能是改善土壤，保持土壤健康。因此，生物有機肥可以作為基肥.種肥.追肥施用不會產生任何不利后果。 因此，雖然生物有機肥是一種新型的有機肥，但其應用與傳統的有機肥施用差別不大。只要我們注意到這些點，就會有一定的應用效果。